Жуан Виейра родился 27 апреля 1939 года близ города Бисау в крестьянской семье народности папел. Рано начал работать, получил профессию — электрик. В 1960 г. вступил в Африканскую партию независимости Гвинеи и Кабо-Верде Амилкара Кабрала, в 1963 году начавшую партизанскую борьбу за независимость этих стран от Португалии. В 1961 году на I съезде ПАИГК избран членом Политбюро и назначен членом военно-политического руководства административного района Катио. Виейра быстро стал одним из лидеров партии и был известен под партизанскими кличками Нино и Каби. А 1964 году он был назначен командующим Южным фронтом. Окончил партийную школу ПАИГК в Конакри (Гвинея). , получил военное образование в Нанкинской военной академии (КНР). В 1967-1970 годах был представителем Политбюро ЦК ПАИГК на Южном фронте. В 1971 году стал членом Исполкома борьбы ПАИГК. В начале 1973 года на II съезде ПАИГК был избран членом Постоянного секретариата ПАИГК. Имел воинское звание команданте.
После провозглашения независимости страны, Виейра 24 сентября 1973 года занял посты председателя Национальной народной ассамблеи и государственного комиссара Народных революционных вооруженных сил.
В 1977 — 1978 годах стажировался в военной академии на Кубе.
После того, как глава правительства страны Франсиско Мендес погиб в автомобильной катастрофе, Виейра был 28 сентября 1978 года утвержден на его место. 11 октября был объявлен состав нового правительства, а 12 октября 1978 года Виейра принес присягу как главный комиссар Совета государственных комиссаров Республики Гвинея-Бисау. Как глава правительства Виейра возглавил Постоянный комитет Национального совета ПАИГК для Гвинеи-Бисау.
Экономические проблемы и противоречия между выходцами с Островов Зелёного Мыса и уроженцами Гвинеи-Бисау в руководстве страны привели к тому, что 14 ноября 1980 года Виейра произвёл бескровный переворот и сверг правительство первого главы страны Луиша ди Алмейды Кабрала. Виейра стал одним из девяти членов Революционного совета и его председателем. После переворота Виейра остался во главе Постоянного комитета Национального совета ПАИГК для Гвинеи-Бисуа и в ноябре 1981 года провел I Чрезвычайный съезд ПАИГК, который подтвердил распад единой для Гвинеи-Бисау и Островов Зелёного Мыса партии. На съезде Виейра был избран членом Политбюро и генеральным секретарём ЦК ПАИГК.
В 1982—1984 годах одновременно занимал посты министра Народных революционных вооружённых сил и министра национальной безопасности и общественного порядка.
В ноябре 1983 года ему был присвоено звание дивизионного генерала. В 1984 году произошёл переход к гражданскому правлению, и был восстановлен прежний режим ПАИГК, а Виейра стал главой государства. 20 июня 1989 года Национальное народное собрание переизбрало его председателем Государственного совета. Он также возглавил правительство и стал главнокомандующим Народными революционными вооружёнными силами. В 1991 году были разрешены оппозиционные политические партии, а в 1994 году прошли многопартийные выборы, на которых Виейра был во втором туре избран президентом и 29 сентября 1994 года стал первым демократически избранным президентом Гвинеи-Бисау. В 1998 году был переизбран председателем ПАИГК.
В том же году произошёл конфликт между Виейрой и уволенным им командующим армией Ансумане Мане. Началась гражданская война, впрочем, вскоре было подписано мирное соглашение и сформировано переходное правительство. Но 27 ноября 1998 года парламент объявил импичмент Виейре. Гражданская война вновь разгорелась. В мае 1999 года силы Виейры капитулировали, и он бежал в Португалию. В сентябре его исключили из ПАИГК.
После того как в результате нового военного переворота в 2003 г. был свергнут президент Кумба Яла, Виейра в 2005 г. выставил свою кандидатуру на президентских выборах как независимый кандидат и победил во втором туре.
В ночь с 1 на 2 марта 2009 года в результате взрыва в штаб-квартире армии погиб начальник штаба вооружённых сил страны Тагме На Ваие. Его сторонники в армии заявили, что президент Виейра «был одной из основных фигур, ответственных за гибель Тагме». Утром 2 марта солдаты, верные погибшему начальнику штаба, атаковали президентский дворец. Виейра был убит ими, когда пытался покинуть здание своей резиденции.
К 1990 году Виейра был женат два раза и имел 6 детей. Свободное время любил проводить в кругу семьи и друзей. Увлекался футболом и теннисом.