В 1962 Йо Зифферт принял участие в 7 Гран-при из 9 за частную команду Экьюри Филипинетти (на болиде Lotus). В 1963 он купил Lotus 24-BRM у Филипинетти и стал независимым пилотом. На Гран-при Франции гонщик набрал 1 очко за 6 место.
В 1964 Зифферт стал представлять команду BRM (на Гран-при Монако он выступал ещё на собственном Lotus 24). На Гран-при США 1964 года Йо Зифферт завоевал первый подиум в карьере.
В 1965 Зифферт переходит в командy Brabham. Однако, это не были лучшие его сезоны. Ни одного подиума за 2 года, а в 1966 сезоне — лишь 3 очка.
В 1967 Йо Зифферт выступал в команде Cooper, а в 1968 швейцарец, перейдя в команду Lotus, впервые выиграл гонку в своей карьере (Гран-при Великобритании).
В 1969 сезоне Зифферт поначалу смотрелся достойно, но после 2 места на 4 этапе (Гран-при Голландии) больше очков не набрал.
Этот сезон оказался самым неудачным в карьере Йо Зифферта. Ни одного очка, несмотря на достойный дебют команды March (48 очков, 3 место в Кубке Конструкторов).
Последний сезон Зифферта оказался самым удачным. Большой шлем на Гран-при Австрии, достойное выступление в течение сезона и 5 место в общем зачёте.
А последней гонкой Йо Зифферта стала внезачётная гонка в Брэндс-Хэтче. На ней швейцарец стартовал с поула. Но на 15 круге гонки его машину перевернуло, она загорелась, и Зифферт умер от асфиксии.